O piloto luso terminou a sessão a 0,828 segundos do mais rápido, o sul-africano Brad Binder (KTM), que bateu o recorde do circuito de Motegi ao fazer a melhor volta em 1.43,489 minutos.
O italiano Francesco Bagnaia (Ducati), campeão em título, foi o segundo mais rápido, a 0,029 segundos, com o espanhol Aleix Espargaró (Aprilia) em terceiro, a 0,295 segundos.
Binder bateu o recorde do espanhol Jorge Lorenzo, que vigorava desde 2015.
Apesar de ser este o treino que garantia a passagem direta à segunda fase da qualificação para os 10 mais rápidos, os pilotos aproveitaram o início da sessão para testarem os pneus para a corrida, rodando com médios e duros.
O espanhol Alex Rins (Honda), que viajou para o Japão depois de ter falhado sete provas devido a uma fratura da tíbia e perónio da perna direita, acabou por ser considerado inapto para este GP depois de rodar algumas voltas de forma a aferir o seu estado físico.
A sessão ficou marcada por algumas quedas, sem consequências físicas, incluindo a do espanhol Marc Marquez (Honda), que também falhou o apuramento direto para a Q2.
O antigo campeão do mundo tem sido o centro das atenções no Japão devido à incerteza do seu futuro.
Apesar de ter contrato com a Honda por mais uma temporada, a imprensa espanhola dá por garantida a sua mudança para a equipa Gresini, da Ducati, no próximo ano.
Assim, Miguel Oliveira foi o melhor dos pilotos eliminados e no sábado terá a companhia de Joan Mir (Honda), Fabio Quartararo (Yamaha), Marc Márquez, Franco Morbidelli (Yamaha), Cal Cruthclow (Yamaha), que participa nesta ronda como convidado, Raul Fernandez (Aprilia), Takaaki Nakagami (Honda), Augusto Fernandez (GasGas) e Michelle Pirro (Ducati).
No sábado, disputa-se a qualificação e a corrida sprint.
