Com um final de jogo surpreendente, o 'verdão' conseguiu dar a 'cambalhota' no marcador diante do rival, com golos aos 90+1 e 90+6 minutos, num jogo em que perdia desde os 17 minutos, após tento de Patrick.
Gustavo Gomez fez o 1-1, de cabeça ao segundo poste, aos 90+1 minutos, e Murilo Cerqueira, com um desvio de pé, após a marcação de um canto, o 2-1, aos 90+6.
O Palmeiras, que teve no banco o adjunto português João Martins, fez por merecer o resultado, num jogo em que esteve muitas vezes por cima, atirou duas bolas à trave e ainda viu um jogador adversário travar um remate na direção da baliza.
"Tivemos oportunidades claras e não conseguimos fazer [golos, na primeira parte]. Na segunda parte, arriscámos e, mesmo que não tivéssemos vencido, sairíamos satisfeitos com o desempenho e a atitude", disse, no final do encontro, João Martins.
Na quinta-feira, as duas equipas voltam a defrontar-se no Morumbi, mas desta vez em jogo da primeira mão dos oitavos de final da Taça do Brasil.
"Sabemos que é uma competição diferente, vai ser decidido em dois jogos. Vai ser um jogo de menos riscos", disse ainda o adjunto de Abel Ferreira.
Do lado do São Paulo, o treinador Rogério Ceni manifestou inconformismo pela forma como a derrota aconteceu e revelou ter evitado falar com os jogadores, esperando analisar o sucedido com a "cabeça fria".
O triunfo deixa o Palmeiras isolado na frente do 'Brasileirão', com 28 pontos, mais três do que o Corinthians, equipa treinada pelo também português Vítor Pereira, que é segunda classificada, e mais sete face ao trio Athlético Paranaense, terceiro, Atlético Mineiro, quarto, e Internacional, quinto, todos com 21.