Após o Governo ter anunciado, a 10 de fevereiro, estar disponível para acolher a EMA, de o Conselho de Ministros ter aprovado, a 27 de abril, a candidatura nacional, pretendendo instalá-la em Lisboa, e de o parlamento a ter aprovado por unanimidade, em maio, o presidente da Câmara do Porto, o independente Rui Moreira, levantou a voz, manifestando ao primeiro-ministro, por carta, o interesse em acolher a sede, que vai ser relocalizada na sequência da saída do Reino Unido da União Europeia.

Antes de Moreira, no final de abril o então candidato do PSD à Câmara do Porto e agora vereador, Álvaro Almeida, já havia defendido que a agência devia ser instalada na cidade e não em Lisboa, afirmando esperar que o autarca percebesse "a importância desta oportunidade e o significado que teria para o desenvolvimento sustentado e diversificado de que o Porto necessita" e que o fizesse "ver junto do Governo".

Poucos dias depois, no início de junho, os vereadores do PS anunciaram que iriam propor, em reunião de câmara, a criação "imediata" de um grupo de trabalho para preparar a candidatura da cidade para receber a EMA, e também a Área Metropolitana do Porto lamentou a "visão centralista" da tutela que "drena tudo o que acrescenta valor ao território" para Lisboa, reiterando que a candidatura portuguesa devia contemplar o Norte.

Em reação às críticas que se fizeram sentir a Norte, a 07 de junho o ministro dos Negócios Estrangeiros, Augusto Santos Silva, defendeu que Lisboa era a localização que oferecia "mais condições" para instalar a sede e que isso não significava a "depreciação" do Porto.

Numa carta que António Costa dirigiu a Rui Moreira, divulgada a 13 de junho, o primeiro-ministro afirma ter decidido candidatar Lisboa por "ser fator de preferência a existência de Escola Europeia, que só Lisboa poderá vir a ter", acrescentando ser "o primeiro a lamentar não ter sido possível candidatar o Porto porque muito gostaria de também, por esta via, contribuir para reforçar a crescente internacionalização da cidade".

A pressão política em torno da escolha de Lisboa foi crescendo, com a líder do Bloco de Esquerda a criticar a opção do Governo, e os eurodeputados do PSD Paulo Rangel e José Manuel Fernandes a lançarem uma petição pública, sugerindo Porto ou Braga, e com o CDS a acusar o Governo de provincianismo e bairrismo ao apenas assumir Lisboa como a única possibilidade para acolher a sede da agência.

O Presidente da República, Marcelo Rebelo de Sousa, pediu então, a 15 de junho, aos partidos políticos que estabilizassem a opinião sobre a localidade portuguesa a candidatar à EMA, remassem na mesma direção e escolhessem "a [cidade] que tem melhores hipóteses de ganhar".

Dois dias depois, fonte do Ministério da Saúde adiantava que o processo de candidatura de Portugal para acolher a EMA ia ser reaberto de forma a incluir também a cidade do Porto, o que levou a autarquia a aceitar integrar a comissão nacional de candidatura de Portugal à EMA, nomeando para essa missão Eurico Castro Alves e o vereador Ricardo Valente.

A 13 de julho o Conselho de Ministros decidiu candidatar a cidade do Porto para acolher a agência, considerando ser a cidade portuguesa que "apresenta melhores condições para acolher a sede daquela instituição", e cerca de 15 dias depois Portugal apresentou à União Europeia a sua candidatura.

O Palácio dos Correios, nos Aliados, o Palácio Atlântico, na praça D. João I, ou instalações novas na Avenida Camilo Castelo Branco são as três localizações propostas para a EMA no Porto, caso a cidade vença esta candidatura, tendo o autarca Rui Moreira já garantido que a sua instalação na cidade não vai ter custos para Portugal.

A comissão da candidatura, com o apoio do Governo, tem vindo a afirmar que "o Porto está em jogo para ganhar", reunindo condições para tal, e tem feito uma intensa campanha da sua promoção na Europa.

Na sexta-feira, o ministro da Saúde, Adalberto Campos Fernandes, disse que "o Porto está claramente no conjunto das candidaturas mais fortes".

"Independentemente do resultado, Portugal e o Porto ganharam. Ganharam com uma candidatura que prestigiou o país, uma candidatura nacional. O Porto está claramente no conjunto das candidaturas mais fortes", disse Adalberto Campos Fernandes.

O ministro da Saúde frisou que "o Porto mostrou a sua vitalidade, a sua capacidade de acolher entidades de elevada diferenciação", apontando que "de certeza que a cidade abriu portas", uma convicção partilhada pelo autarca Rui Moreira.

"Nada será como antes porque o Porto passou por todas as etapas necessárias. Nos critérios fundamentais, o Porto preenche todos os parâmetros fundamentais. Doravante em situações desta natureza, o Porto passa a estar no mapa de cidades que podem acolher este tipo de investimentos e instituições", disse o presidente da Câmara.

De acordo com a secretária de Estado dos Assuntos Europeus, Ana Paula Zacarias, "foi feito um intenso trabalho diplomático e muitas diligências diplomáticas junto dos 26 países envolvidos".

De acordo com um estudo feito pela consultora Ernst & Young, a pedido da Associação Comercial do Porto (ACP), o Porto está entre as cinco cidades favoritas para acolher a EMA, aparecendo classificada com "performance de topo" ou "qualidade muito elevada" nas seis dimensões da avaliação.

O Porto está na corrida com mais 18 cidades europeias e a decisão é anunciada pela União Europeia na segunda-feira.