De acordo com o porta-voz do executivo, Yoshihide Suga, as equipas de resgate encontraram já o corpo da última pessoa dada como desaparecida, um homem de 77 anos.
Além das 44 mortes, na maioria registadas na localidade de Atsuma, o novo balanço das autoridades aponta também para 660 feridos.
Os aluimentos de terra provocados pelo sismo destruíram pelo menos 70 edifícios e deixaram 2.600 desalojados, de acordo com a televisão estatal.
O terramoto causou um corte geral na energia e paralisou os transportes públicos em Hokkaido, que precisou de dois dias para restaurar a eletricidade na maior parte da ilha, com 5,4 milhões de habitantes.
Para que não se volte a verificar "um apagão", o porta-voz do Governo pediu que se economize energia "20% a mais do que o habitual".
Por sua vez, a Agência de Recursos Naturais e Energia do Japão aconselhou as famílias e empresas a desligar da rede elétrica todos os aparelhos que não estão em uso.
O terramoto ocorreu a 62 quilómetros a sudeste da capital regional, Sapporo, a 40 quilómetros de profundidade, apenas dois dias depois de um tufão ter devastado a região oeste de Osaka, no sul da ilha de Honshu, a maior das ilhas do arquipélago japonês.