A chegada dessas pessoas, que partiram para a Síria entre 2012 e 2016, está prevista para sábado, afirmou o ministro à imprensa.
Dragan Mektic, no entanto, censurou a Presidência da Bósnia por acelerar o processo de repatriamento "sem consulta e coordenação com as agências de segurança".
"Não podemos preparar tudo bem até sábado. Essas pessoas virão sem documentos. Como vamos verificar a identidade de 30 a 40 pessoas quando desembarcarem aqui?", alertou o ministro.
"Vamos preparar tudo o que é possível até sábado", acrescentou.
Numa carta enviada na segunda-feira a vários ministérios, incluindo o Ministério da Segurança, a Presidência pediu uma ação "urgente" e "coordenada" para organizar o retorno dos cidadãos bósnios da Síria.
Nesta carta, tornada pública por Dragan Mektic, a Presidência diz que 24 pessoas, "mulheres e os seus filhos, além de crianças sem pais", viviam atualmente em condições "muito difíceis nos campos" na Síria.
Segundo o ministro da Segurança, vão ser repatriados "mulheres, crianças e combatentes do [grupo 'jihadista'] Estado Islâmico" (EI).
A imprensa local, por sua vez, refere-se ao repatriamento em dois grupos, o de mulheres e crianças, juntamente com outro de nove homens que lutaram nas fileiras do grupo extremista e foram presos no norte da Síria.
Entre 2012 e 2016, cerca de 300 cidadãos da Bósnia partiram para a Síria e o Iraque, 55% de homens, 20% de mulheres e 25%de crianças, segundo dados obtidos pela agência de notícias France-Presse junto das autoridades.
Cerca de 100 adultos morreram e outros 49 retornaram à Bósnia nos últimos três anos, incluindo 44 homens e cinco mulheres. Vinte e quatro homens foram julgados e sentenciados por se juntarem às fileiras dos 'jihadistas' na Síria ou no Iraque.
Alguns especialistas, no entanto, acreditam que sentenças entre doze meses e quatro anos de prisão são muito brandas.
Oito dos homens julgados declararam-se culpados e comprometeram-se a cooperar com as autoridades, em troca da sentença de 12 meses de prisão.
As autoridades também estimam que cerca de 100 adultos estão atualmente em campos na Síria (45% homens e 55% mulheres), bem como crianças cujo número não é especificado. Alguns nasceram na Síria ou no Iraque.