O anterior balanço apontava para pelo menos 55 mortos.
A maioria dos mortos foi registada em Kyushu, a terceira maior ilha do Japão.
Os danos espalharam-se para além de Kyushu, nas aldeias montanhosas do centro do Japão, conhecidas pelas águas termais.
Os trabalhos de busca e salvamento continuam na aldeia de Kuma, onde nove pessoas estão desaparecidas, mas foram atrasados devido às cheias profundas e risco de mais deslizamentos de lama.
As pessoas isoladas pelas cheias continuam a ser transportadas por via aérea.
Na famosa cidade de águas termais de Yufuin, na província de Oita, foi encontrada uma pessoa morta, e os socorristas estão à procura de três dos seus familiares ainda desaparecidos.
Cerca de 2.000 pessoas ainda estão presas em 70 locais espalhados pela região, indicaram as autoridades, que estão a preparar-se para novas chuvas intensas no país durante o fim de semana.
Os trabalhadores de resgate e as autoridades têm estado em contacto com a maioria dessas áreas, onde a extensão dos danos não é ainda totalmente conhecida.
A Agência Meteorológica emitiu conselhos de evacuação em Nagasaki e outras áreas da região de Kyushu, devido às contínuas chuvas torrenciais.
No total, mais de 1,2 milhões de pessoas foram instadas a saírem das suas casas, embora não seja obrigatório.