Uma das vítimas mortais é o maquinista que conduzia a composição, acrescentou a polícia de transportes escocesa, num comunicado distribuído à imprensa.
"Apesar dos esforços dos paramédicos, três pessoas foram declaradas mortas no local", incluindo o maquinista, lê-se no comunicado, em que se acrescenta que seis pessoas foram "transportadas para o hospital para tratamento de lesões que, felizmente, não são consideradas graves".
O acidente ocorreu 160 quilómetros a nordeste de Edimburgo.
Numa primeira declaração, a primeira-ministra escocesa, Nicola Sturgeon, que intervinha no parlamento, considerou o acidente "extremamente grave".
De acordo com as autoridades, tratou-se de um descarrilamento, mas não se conhecem os pormenores.
"Estamos envolvidos num incidente na linha de caminho de ferro, em Stoneheaven, Aberdeenshire, onde um comboio se descarrilou", referiu, inicialmente, a polícia responsável pelos transportes britânicos numa mensagem divulgada na rede social Twitter.
"Os agentes foram chamados para a linha [de caminho de ferro] às 09:43 [mesma hora em Lisboa] e encontram-se junto das ambulâncias e dos bombeiros", acrescentou a polícia, que não forneceu dados sobre possíveis vítimas.
Durante a madrugada, a Escócia registou fortes chuvas, que provocaram inundações, nomeadamente, na zona do acidente, tendo inicialmente provocado atrasos nas ligações ferroviárias.