Segundo as autoridades, 53 pessoas ficaram feridas.
Ao todo encontravam-se 96 pessoas a bordo da aeronave acidentada, incluindo três pilotos.
As equipas continuam a procurar a caixa negra para obterem informações sobre as causas do acidente.
O avião, um Hércules C-130 de quatro motores, estava a fazer uma manobra de aterragem no domingo num aeródromo na ilha de Jolo quando ultrapassou a pista e não conseguiu recuperar altitude.
"Quando perdeu a pista tentou recuperar o poder mas não teve sucesso e caiu", disse o Comandante Geral da Força Aérea Filipina, Cirilito Sobejana numa declaração.
Dentro da aeronave havia soldados, a maioria dos quais tinha acabado de se formar e deviam ser destacados para um batalhão de combate a vários grupos extremistas islâmicos abrigados no remoto arquipélago de Jolo, no sudoeste das Filipinas.
O exército filipino mantém uma forte presença no sul do país, onde atuam os fundamentalistas islâmicos da rede Abu Sayyaf, considerada uma organização terrorista por Manila e Washington.
Vários atentados terroristas e raptos de turistas estrangeiros e missionários cristãos foram atribuídos e reivindicados pelos militantes da Abu Sayyaf.
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