"Dezenas de extremistas" entraram numa secção do local religioso, "derrubando violentamente barreiras e pondo em perigo a vida de pessoas", segundo a polícia.
A polícia retirou-se do local quando um grupo de fiéis quebrou as barreiras e invadiu um edifício, relatou um fotógrafo da agência de notícias francesa AFP, acrescentando que a polícia regressou mais tarde.
A peregrinação, que ocorre por ocasião do feriado judaico de Lag Baomer, reúne os fiéis em torno do presumível túmulo do rabino Shimon Bar Yochai, um talmudista do século II da era cristã, ao qual é atribuída a redação do Zohar, obra central do misticismo judaico.
O fotógrafo da AFP disse ter visto vários fiéis detidos e algemados pela polícia, bem como câmaras e outros equipamentos elétricos serem sabotados no local.
A polícia evitou a chegada de novos fiéis ao local, onde se espera que a peregrinação continue até ao final da noite de hoje.
O primeiro-ministro israelita, Naftali Bennett, afirmou na quarta-feira que o seu Governo fez um "investimento considerável" em acordos de segurança, para garantir que, o que foi descrito como um dos piores desastres civis da história do Estado hebraico, não se repita.
Apelou aos peregrinos para que "sigam as orientações". Apenas os que têm bilhete de entrada poderão aceder ao local, que tem capacidade para 16.000 pessoas, segundo as autoridades israelitas.
Cerca de 8.000 polícias foram destacados para o local para manter a ordem, adiantou a polícia, que disse também ter destacado drones, um helicóptero e agentes da polícia em motos e a cavalo.
Temendo que alguns peregrinos tentassem aceder ao local de forma não autorizada, a polícia disse que iria garantir a segurança todas as vias de acesso, bem como as florestas circundantes do local de culto.
Na terça-feira, a polícia alegou ter apreendido facas e martelos pertencentes a uma "fação extremista ultraortodoxa" que alegadamente pretendia sabotar a infraestrutura.
Leia Também: Polícia militar israelita não vai investigar morte de jornalista
