Mais de 500 pessoas foram deslocadas de regiões montanhosas propensas a deslizamentos de terra no sul da ilha, que permanece em estado de alerta máximo.
O tufão levou ao cancelamento de 94 voos internacionais e domésticos e à suspensão de 16 rotas de transporte marítimo.
Quase 40 mil soldados foram mobilizados para ajudar nos esforços de resgate, disse o ministério da Defesa de Taiwan.
O Krathon deverá atingir a cidade portuária de Kaohsiung, no sudoeste da ilha, na manhã de quarta-feira, e depois atravessar o centro de Taiwan e nordeste em direção ao mar do Leste da China, de acordo com a Administração Central de Meteorologia (CWA, na sigla em inglês) taiwanesa.
A agência disse que a tempestade aumentou de intensidade nas últimas horas até se tornar um "tufão severo" esta madrugada.
O Krathon deverá ser sentido na capital Taipé na quarta e quinta-feira.
Em Kaohsiung, uma cidade com 2,7 milhões de habitantes, muitas lojas e restaurantes foram encerrados, após previsão de até 80 centímetros cúbicos de chuva nas áreas montanhosas da região.
O Krathon estava a mover-se em direção à ilha com ventos máximos sustentados de 198 quilómetros por hora e rajadas de 245 quilómetros por hora, de acordo com a administração meteorológica.
O presidente de Taiwan visitou esta manhã a sede do Comando Central de Operações de Emergência, onde apelou à conclusão das medidas preventivas "antes que o tufão chegue ao continente".
O Krathon "intensificou-se para um forte tufão e os seus ventos, chuvas e tempestades causarão danos significativos. A trajetória deste tufão é invulgar, pois terá impacto no sul de Taiwan e sairá pelo leste, pelo que todos devem estar particularmente atentos", disse William Lai Ching-te.
O tufão desalojou na segunda-feira quase duas mil pessoas no norte das Filipinas, onde destruiu telhados de casas rurais, derrubou árvores e causou inundações.
O vento danificou um terminal de aeroporto e dois aviões ligeiros estacionados em Basco, capital da província de Batanes, no extremo norte. Uma pista de aterragem e um hangar também foram inundados na cidade de Lingayen, na província de Pangasinan, de acordo com a Autoridade de Aviação Civil das Filipinas.
Não houve até ao momento relatos de mortes por parte da agência governamental de resposta a catástrofes. Mas as autoridades locais disseram que um homem foi eletrocutado na segunda-feira por uma linha de energia caída enquanto andava de moto na cidade costeira de Santa Ana, na província de Cagayan.
Taiwan é particularmente sensível a catástrofes naturais. No final de julho, o tufão Gaemi causou dez mortos, mais de 900 feridos e milhões de euros em perdas no setor agrícola e das pescas.
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