"Isto viola o princípio de não repulsão, para o qual existe uma proibição total nos casos em que existe um risco real de tortura, maus-tratos ou outros danos irreparáveis no regresso", disse o alto comissário Volker Turk, em comunicado.
Turk exigiu ainda que a China trate os uigur "de acordo com as normas internacionais de direitos humanos".
A Tailândia confirmou a deportação para a China de dezenas de uigures, que correm o risco de perseguição.
O chefe da polícia tailandesa, Kitrat Phanphet, confirmou que a China solicitou o repatriamento de 40 uigures.
"O Governo chinês escreveu ao Governo tailandês para expressar a sua sinceridade e intenção de cuidar dos uigures, prometendo na carta que serão cuidados e garantindo o seu alojamento e segurança", disse Kitrat.
O Ministério da Segurança Pública da China tinha dito anteriormente apenas que 40 "migrantes ilegais" chineses tinham sido deportados da Tailândia para a China "ao abrigo do Direito internacional".
Para além do alto comissário da ONU para os Direitos Humanos, também a organização não-governamental Human Rights Watch denunciou a transferência de uigures.
"Estes homens correm agora um elevado risco de tortura, desaparecimento forçado e prisão a longo prazo na China", disse Elaine Pearson, diretora da organização na Ásia.
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