As forças de segurança patrulhavam a zona perto da cidade de Pirot (sudeste), na terça-feira à noite, quando ouviram "um tiro antes de verem seis migrantes, um dos quais ferido com um tiro no peito", indica um comunicado do ministério da Defesa sérvio.
Um grupo de quatro caçadores encontrava-se no local e um deles foi detido.
"À chegada aos serviços de emergência, os médicos limitaram-se a declarar o óbito de um cidadão afegão de 20 anos", acrescenta.
A Sérvia é um dos países na chamada Rota dos Balcãs, que centenas de milhares de migrantes do Médio Oriente, Ásia e África percorrem para tentar chegar às nações da Europa ocidental.
Esta rota foi oficialmente encerrada em março, mas os migrantes continuam a atravessar a região.
A partir de meados de julho, quando Belgrado deu início a patrulhas conjuntas da polícia e do exército para reforçar o controlo das fronteiras, as autoridades contabilizaram mais de 3.700 tentativas de passagem ilegal.