Em declarações à agência noticiosa Associated Press (AP), Talal Barazi disse também que sete pessoas ficaram feridas.
Um incêndio deflagrou na base, que ficou a arder durante mais de uma hora.
O Observatório Sírio dos Direitos Humanos (OSDH, oposição), com sede em Londres, disse que o ataque matou quatro soldados, incluindo um general.
Os Estados Unidos lançaram na quinta-feira um ataque com "59 mísseis" contra a base aérea de Shayrat, que está "associada ao programa" sírio de armas químicas e "diretamente ligada" aos "horríveis acontecimentos" de terça-feira, de acordo com um responsável da Casa Branca.
Pelo menos 86 morreram na terça-feira na localidade de Khan Cheikhun, alvo de um ataque com armas químicas.
