A separação do SEF entre as funções policiais e administrativas estava prevista no programa do Governo e foi anunciada pelo ex-ministro da Administração Interna Eduardo Cabrita, após a morte de um cidadão ucraniano nas instalações deste serviço no aeroporto de Lisboa em março de 2020, pela qual três inspetores foram condenados.

Depois de alguma resistência por parte do Governo em levar a reestruturação do SEF à Assembleia da República (AR), este assunto foi discutido no parlamento após a aprovação de um projeto de resolução do CDS-PP a exigir que a proposta fosse votada no plenário.

A proposta do Governo chegou ao parlamento em julho e foi aprovada em outubro depois de um texto acordado entre o PS e o Bloco de Esquerda que estabelece a criação da Agência Portuguesa para as Migrações e Asilo, em vez do Serviço de Estrangeiros e Asilo que constava do diploma proposto pelo Ministério da Administração Interna.

A proposta foi rapidamente promulgada pelo Presidente da República, mas com reservas, que remeteu a sua apreciação decisiva para posteriores decretos de execução do Governo.

O diploma, publicado a 12 de novembro, determina que as atuais atribuições em matéria administrativa do SEF relativamente a cidadãos estrangeiros passam a ser exercidas pela Agência Portuguesa para as Migrações e Asilo (APMA), que o Governo terá de criar por decreto-lei, e pelo Instituto dos Registos e do Notariado, além de terem de ser transferidas as competências policiais para a PSP, GNR e Polícia Judiciária.

A APMA terá a "missão de concretizar as políticas públicas em matéria migratória e de asilo, nomeadamente a de regularização da entrada e permanência de cidadãos estrangeiros em território nacional, emitir pareceres sobre os pedidos de vistos, de asilo e de instalação de refugiados, assim como participar na execução da política de cooperação internacional do Estado português no âmbito das migrações e asilo".

Segundo o diploma, vai ser criado junto da APMA um órgão consultivo em matéria migratória e de asilo, que assegura a representação de departamentos governamentais e de organizações não-governamentais, "cujo objeto estatutário se destine primordialmente à defesa dos direitos das pessoas migrantes, refugiadas e requerentes de asilo, à defesa dos direitos humanos ou ao combate ao racismo e xenofobia, competindo-lhe, designadamente, emitir pareceres, recomendações e sugestões que lhe sejam submetidos".

No âmbito da transferência de competência policiais, a GNR ficará responsável por "vigiar, fiscalizar e controlar as fronteiras marítima e terrestre", "agir no âmbito de processos de afastamento coercivo e à expulsão judicial de cidadãos estrangeiros, nas áreas da sua jurisdição" e "assegurar a realização de controlos móveis e de operações conjuntas com forças e serviços de segurança nacionais e congéneres espanhóis".

Por sua vez, a PSP integrará as competências de "vigiar, fiscalizar e controlar as fronteiras aeroportuárias e terminais de cruzeiros" e "agir no âmbito de processos de afastamento coercivo e de expulsão judicial de cidadãos estrangeiros, nas áreas da sua jurisdição".

A PJ fica com competências reservadas na investigação dos crimes de auxílio à imigração ilegal, associação de auxílio à imigração ilegal, tráfico de pessoas e de outros com estes conexos.

O diploma fixava em 11 de janeiro de 2022 o fim do SEF, mas o PS decidiu propor o seu adiamento por mais seis meses devido à pandemia de covid-19.

O projeto de lei socialista aprovado na AR adia até maio de 2022 a extinção do SEF com a justificação da evolução da situação epidemiológica e "a necessidade de reforçar o controlo fronteiriço, designadamente no que concerne à verificação do cumprimento das regras relativas à testagem".

A extinção do SEF será assim concretizada pelo Governo que sairá das eleições legislativas antecipadas de 30 de janeiro.

Desde o início que esta reestruturação tem sido contestada pelos sindicatos dos inspetores e funcionários do SEF, bem como por alguns partidos políticos, nomeadamente o CDS e o PSD.

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