A funcionar de novo desde 19 de maio, o museu regista maior afluência aos fins de semana e feriados, tendo sido a primeira quinzena de junho a de maior afluência. Segundo informação do Santuário de Fátima, o limite de visitantes em cada um dos diversos espaços, para garantir as regras de segurança e higiene, "é uma condicionante que dificulta a comparação com qualquer outro momento da história do museu".
Os responsáveis do museu e do Santuário antecipavam que, devido à covid-19, "o volume de visitantes seria bastante mais baixo do que o verificado nos anos anteriores", mas também pressupunham que os espaços museológicos seriam procurados no regresso dos peregrinos.
O grosso dos visitantes tem passado pela exposição "Vestida de branco", sobre a escultura de Nossa Senhora de Fátima, que teve quase 60 mil entradas até 13 de março. "Neste novo período e até ao final do mês de junho, já passaram por este espaço museológico 7.878 visitantes".
Além do protocolo de higiene, a pandemia obrigou à suspensão do vídeo introdutório da exposição e à alteração do modelo de visitas guiadas, privilegiando-se "o acompanhamento na interpretação do património de forma mais individualizada". Também as visitas temáticas à exposição temporárias mudaram de sítio.
Segundo o Santuário de Fátima, foram criadas condições para que as atividades previstas antes da pandemia tenham lugar de modo que "os visitantes possam sentir-se seguros nos diferentes espaços do museu".