Os confrontos entre membros dos grupos étnicos rivais Murle e Lou Nuer, no estado de Jonglei, onde se localiza Pibor, prolonga-se há meses e, em maio, causou a morte a mais de 200 pessoas, incluindo um funcionário dos MSF.
Uma nova vaga de violência entre comunidades da região começou a 15 de junho, indicou a ONG em comunicado.
"Os confrontos estão a aproximar-se da cidade oriental de Pibor e quase todos escolheram refugiar-se no mato, incluindo o pessoal dos MSF", acrescenta.
O encerramento dos centros de saúde dos MSF ocorre numa altura em que a organização estima que o número de vítimas dos conflitos venha ainda a aumentar e quando se aproxima a época da malária e o novo coronavírus está a espalhar-se pelo país.
"O que vi foi extremamente traumático. Vi sinais de extremo medo e tristeza nos olhos das pessoas devido a esta violência recorrente", disse a enfermeira dos MSF, Regina Marko Ngachen.
"Os guerreiros não só atacam o gado, como também queimam casas, destroem e saqueiam propriedades", acrescentou.
O Sudão do Sul, onde foi assinado um acordo de paz em 2018, luta para se recuperar de uma guerra civil de seis anos que matou mais de 380.000 pessoas e causou uma crise humanitária sem precedentes.
Os combates entre tropas governamentais e grupos rebeldes continuam, no entanto, especialmente na região do sul.
O Presidente do Sudão do Sul, Salva Kiir, e o antigo líder do principal grupo rebelde e agora vice-presidente Riek Machar, formaram um governo de unidade nacional em fevereiro.
Mas um desacordo sobre a distribuição dos estados regionais entre as duas fações do executivo, que só foi resolvido na semana passada, deixou um vazio de poder a nível local.
Segundo o enviado das Nações Unidas para o país, David Shearer, tal resultou no "quadruplicar de incidentes violentos em dois anos".
"Esta violência não pode ser descrita apenas como intercomunitária. Combatentes uniformizados foram vistos entre os dois grupos, sugerindo que forças organizadas podem estar a juntar-se ao conflito", disse Shearer ao Conselho de Segurança da ONU.
O Presidente Kiir nomeou, na terça-feira, uma comissão para analisar a situação em Jonglei.
