Este é o segundo caso do género desde que Meloni chegou ao poder no mês passado.
Fittipaldi, que trabalha para o diário de esquerda Domani, e o diretor do jornal, Stefano Feltri, são acusados de distorcer os factos num artigo publicado no ano passado, sugerindo que a líder da extrema-direita tinha tentado ajudar um amigo a ganhar um concurso público durante a pandemia.
Meloni, cujo partido Irmãos de Itália estava na oposição na altura, negou-o e entrou com um processo.
Um juiz de Roma decidiu na semana passada levar o caso a julgamento, disse Fittipaldi à agência France-Presse.
Uma fonte do gabinete de Meloni indicou que o julgamento está marcado para 10 de julho de 2024.
"Só denunciei informações verdadeiras", disse o jornalista, prometendo que ele e o seu jornal vão continuar as investigações, incluindo em casos "embaraçosos".
A decisão de processar Fittipaldi junta-se ao caso contra o conhecido escritor e jornalista antimáfia Roberto Saviano, que é acusado de difamação pelas suas críticas à posição da primeira-ministra sobre os migrantes.
Fittipaldi, conhecido pelas suas revelações sobre escândalos no Vaticano, referiu que "é habitual um jornalista de investigação em Itália" ser processado.
"Mas é a primeira vez que vou a julgamento contra um primeiro-ministro, que tem um poder gigantesco em comparação com um jornalista da oposição", sublinhou.
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