Os ataques provocaram a morte de pelo menos onze pessoas, marcando um agravamento significativo nas relações entre os dois países.
O acordo ocorre depois de o chefe da diplomacia iraniana, Hossein Amirabdollahian, ter mantido conversações em Islamabade com o homólogo paquistanês, Jalil Abbas Jilani.
O ministro dos Negócios Estrangeiros iraniano encontrou-se também com o primeiro-ministro interino do Paquistão, Anwaarul-Haq-Kakar.
Em conferência de imprensa, Amirabdollahian e Jilani afirmaram que vão trabalhar através dos canais diplomáticos e militares.
Jilani afirmou que os dois países conseguiram "normalizar a situação no mais curto espaço de tempo possível" após os ataques aéreos porque ambas as partes concordaram em retomar o diálogo para resolver todas as questões.
"O terrorismo representa um desafio comum para os nossos países", afirmou Jilani, sublinhando que "o respeito pela soberania e pela integridade territorial continua a ser o princípio fulcral para a cooperação".
Jilani anunciou a realização de reuniões regulares a nível ministerial e também entre oficiais de ligação.
O Irão e o Paquistão "respeitam firmemente a soberania e a integridade territorial um do outro", afirmou Amirabdollahian.
"Diremos a todos os terroristas que não lhes vamos dar qualquer oportunidade de pôr em perigo a nossa segurança comum".
Os laços entre o Irão e o Paquistão foram postos em causa no dia 17 de janeiro, quando o Irão lançou ataques aéreos contra a província paquistanesa do Baluchistão, no sudoeste do país, visando o que Teerão disse serem esconderijos do grupo armado sunita anti-iraniano Jaish al-Adl (Exército da Justiça).
O Paquistão informou que duas crianças foram mortas e três outras ficaram feridas.
Indignado com os ataques, o Paquistão chamou o embaixador em Teerão e lançou ataques aéreos contra os alegados esconderijos do grupo armado no interior do Irão, na província de Sistan, matando pelo menos nove pessoas.
Islamabade afirmou estar a visar grupos militantes com objetivos separatistas.
Amirabdollahian afirmou ainda que o Paquistão e o Irão vão também criar zonas económicas de comércio livre perto das regiões fronteiriças para reforçar o comércio bilateral.
Segundo os especialistas consultados pela Associated Press os ataques deste mês foram, pelo menos em parte, motivados por pressões políticas internas, embora também tenham aumentado a ameaça de propagação da violência no Médio Oriente, por causa da guerra de Israel contra o Hamas em Gaza.
Durante a visita, Amirabdollahian previa também informar sobre um incidente ocorrido no sábado, em que homens armados desconhecidos mataram a tiro pelo menos quatro trabalhadores paquistaneses e feriram outros três na província iraniana de Sistan e Baluchistão.
O Paquistão condenou as mortes, considerando o ataque "horrível e desprezível".
Os familiares dos paquistaneses mortos fizeram uma manifestação no domingo, exigindo que os corpos fossem trasladados.
O Paquistão afirmou que estavam a ser tomadas medidas nesse sentido com a ajuda do Irão e que os três trabalhadores feridos estavam a ser tratados num hospital iraniano.
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