João Nuno Mendes coordenou o grupo de trabalho criado para a negociação do auxílio de emergência à TAP entre maio e 15 de junho de 2020, altura em que iniciou funções como secretário de Estado das Finanças do 22.º Governo Constitucional, na equipa ministerial de João Leão.
Já no atual Governo de maioria absoluta do PS, João Nuno Mendes integrou a equipa de Fernando Medina, inicialmente a desempenhar funções de secretário de Estado do Tesouro, entre março e dezembro de 2022.
Com a saída de António Mendonça Mendes do Ministério das Finanças, onde era secretário de Estado adjunto e dos Assuntos Fiscais, para assumir funções como secretário de Estado adjunto do primeiro-ministro, Fernando Medina fez alterações na equipa, regressando João Nuno Mendes à pasta das Finanças, que ainda assume, e entrando Alexandra Reis para secretária de Estado do Tesouro.
Desta forma, é expectável que os deputados questionem o governante não só sobre a intervenção do Estado na TAP em 2020, mas também sobre Alexandra Reis, que integrava a sua equipa quando veio a público a polémica indemnização de meio milhão de euros que recebeu pela saída antecipada da companhia aérea, que levou à constituição desta comissão de inquérito.
Após a saída da TAP e antes do curto período em que integrou o Governo, Alexandra Reis foi nomeada pelo Estado como presidente da NAV Portugal -- Navegação Aérea, co-tutelada pelos ministérios das Infraestruturas e das Finanças, altura em que João Nuno Mendes exercia o cargo de secretário de Estado do Tesouro.
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