Com uma representação de 33 atletas, que competiram em oito modalidades, Portugal conseguiu duas medalhas de bronze: uma no lançamento do peso F40, conquistada por Miguel Monteiro, e outra nos 200 metros VL2, conseguida pelo canoísta Norberto Mourão.
Os dois bronzes conseguidos em Tóquio, numa competição disputada sem público e sob medidas sanitárias apertadas, aumentaram para 94 o número de medalhas lusas em competições paralímpicas.
O atletismo é a modalidade com mais medalhas conquistadas, somando 54, seguido do boccia, que soma 26, e que nesta edição, pela primeira vez desde que Portugal se estreou na modalidade, em 1984, sai sem qualquer medalha conquistada.
A natação é a terceira modalidade lusa mais medalhada, com nove, seguida do ciclismo, com duas, do futebol, do ténis de mesa e da canoagem, todos com uma medalha cada.
Portugal, que somou em Tóquio a sua 11.ª participação em Jogos Paralímpicos, a 10.ª consecutiva, tem no palmarés 25 medalhas de ouro, 30 de prata e 39 de bronze.
Os Jogos Sydney2000, nos quais Portugal teve a maior comitiva de sempre, com 52 atletas, foram os que mais medalhas renderam, com 15 lugares no pódio.
Na estreia em competições paralímpicas, em Heidelberg1972, onde teve uma representação de 11 atletas, que competiram no torneio de basquetebol em cadeira de rodas, Portugal não conquistou qualquer medalha.
Nas edições mais recentes, o número de medalhas conquistadas tem vindo a diminuir, com sete conquistadas em Pequim2008, três em Londres2012, quatro no Rio2016 e duas nos Jogos Tóquio2020.