O anterior balanço apontava para pelo menos 50 mortos.
O Japão permanece em alerta máximo, já que as chuvas torrenciais caíram agora no centro do país.
A Agência Meteorológica do Japão (JMA) tinha colocado as regiões de Gifu e Nagano em alerta máximo na manhã de hoje, mas por volta das 12:00 (04:00 em Lisboa) baixou o nível de alerta.
"A precipitação nestas áreas está no auge", disse um funcionário da JMA.
"É bem possível que as catástrofes naturais já estejam em curso, especialmente em áreas declaradas de alto risco de deslizamentos de terras e inundações", advertiu.
Vastas áreas de Kyushu, a grande ilha no sudoeste do arquipélago, já tinham ficado submersas logo na manhã de sábado, devido às chuvas torrenciais que causaram vários inundações e deslizamentos de terra.
As autoridades consideram provável que o número de mortos se agrave. As autoridades estão ainda a verificar se seis outras mortes estão ou não relacionadas com o mau tempo.
Cerca de 80.000 socorristas tinham sido destacados para as áreas devastadas nos últimos dias, incluindo membros das Forças de Autodefesa Japonesas.
Várias zonas afetadas já foram evacuadas e cerca de 1,4 milhões de pessoas tiveram de ser retiradas das suas casas.