A indignação das vítimas levou o papa a pedir "perdão", durante uma visita que fez ao país em 2018. Contudo, o seu gesto foi afetado por um passo em falso, tomado durante a sua única visita ao Chile.
O chefe do Vaticano defendeu um bispo acusado de ter protegido um padre, destituído anos antes por pedofilia. Meses depois, perante as provas contra o prelado, Francisco teve de se desculpar e criar uma comissão encarregada de inquirir o escândalo.
O inquérito foi dirigido pelo arcebispo Charles Scicluna, que documentou os casos de violência sexual e encobrimento, após inquirir centenas de vítimas.
Entre aqueles casos está o padre Fernando Karadima, que abusou, entre outros, de três adolescentes que frequentavam a sua paróquia, de El Bosque, em Santiago.
Em 2024, a Santa Sé solicitou à organização de solidariedade Caritas Chile que elaborasse um plano de prevenção de agressões e apurasse se a Igreja, enquanto instituição, era de alguma forma responsável das agressões sexuais ocorridas.
Apesar disto, a Igreja continuou a perder fiéis no país, que conta com 20 milhões de habitantes. Um inquérito realizado em 2024, pelo Centro de Estudos Católicos, apurou que 48% declararam-se católicos, quando em 2006 o valor apurado foi de 70%.
Durante a sua visita ao Chile, Francisco desafiou um jornalista que o questionava sobre o bispo acusado de ter encoberto Fernando Karadima: "No dia em que me apresentarem provas contra o bispo Barros, falarei. Não há provas contra ele; só calúnias".
Os procuradores chilenos identificaram 556 vítimas desde 1954 e inquiriram cerca de 400 membros da Igreja, mas o caso que mais a instituição chilena foi o dossier Karadima.
Este padre foi acusado de abusos sexuais realizados entre 1980 e 2006, quando dirigia a paróquia de El Bosque, situada em um dos bairros mais abastados da capital. Em 2011, foi excluído da Igreja e morreu em 2021, com 81 anos, sem ter sido julgado.
Apenas 10% dos membros da Igreja chilena acusados de violência sexual ou encobrimento foram condenados pela justiça. Segundo o Ministério Público, cerca de 400 vítimas eram menores no momento dos crimes.
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