Lee Man-hee, de 88 anos, foi detido após a emissão de um mandado pelo Tribunal Distrital de Suwon, acusado de fornecer às autoridades de saúde registos imprecisos das reuniões na igreja e listas falsas de membros.
O religioso é responsável por "tentativas sistemáticas de destruir evidências", de acordo com uma autoridade judicial citada pela agência de notícias Yonhap.
As pessoas ligadas à igreja compunham mais da metade dos mais de quatro mil casos registados na Coreia do Sul em fevereiro.
A 19 de julho, os membros da seita representavam 38% das pessoas infetadas, segundo as autoridades de saúde.
A Igreja de Shincheonji de Jesus alegou que os seus membros corriam o risco de sofrer estigma social e discriminação e dissuadiu alguns de responderem a pedidos oficiais.
Lee também é acusado de desviar 4,69 milhões de dólares (quatro milhões de euros) de fundos da Igreja e realizar eventos religiosos em estabelecimentos públicos sem a respetiva aprovação.
A Coreia do Sul é frequentemente reconhecida como modelo na gestão da crise da saúde, com o seu programa "triagem, testes e tratamento".
Trinta e um novos casos foram registados no sábado, elevando o total para 14.336, num país de 52 milhões de pessoas.
A pandemia de covid-19 já provocou mais de 673 mil mortos e infetou mais de 17,3 milhões de pessoas em 196 países e territórios, segundo um balanço feito pela agência de notícias France-Presse (AFP).
A doença é transmitida por um novo coronavírus detetado no final de dezembro, em Wuhan, uma cidade do centro da China.
Depois de a Europa ter sucedido à China como centro da pandemia em fevereiro, o continente americano é agora o que tem mais casos confirmados e mais mortes.
