Este novo órgão europeu foi criado para melhorar a cooperação entre os Estados-membros no combate aos crimes que prejudiquem os interesses financeiros da UE.

A procuradoria Europeia funcionará como um Ministério Público independente e altamente especializado e a sua função é investigar, instaurar um processo penal e preparar a acusação contra quem pratica crimes que prejudiquem o orçamento da UE, nomeadamente fraudes na obtenção de subsídios e outros apoios financeiros ou relacionadas com o IVA, corrupção e branqueamento de capitais.

Segundo a vice-presidente da Comissão Europeia com a pasta dos Valores e Transparência, Vera Jourová, uma das missões centrais da Procuradoria Europeia será assegurar que as verbas de recuperação pós-crise da covid-19 "serão plenamente utilizadas para ajudar as economias e os cidadãos a recuperar", numa alusão ao fundo Próxima Geração UE, de 750 mil milhões de euros.

Porém, a criação desta estrutura tem vindo a ser marcada por polémicas, nomeadamente em Portugal.

O magistrado português José Guerra foi indicado pelo Governo depois de ter sido selecionado em primeiro lugar pelo Conselho Superior do Ministério Público, mas após um comité europeu de peritos ter considerado como melhor candidata ao cargo Ana Carla Almeida, que entretanto interpôs um recurso junto do Tribunal de Justiça da UE.

O Governo esteve no centro de outra polémica depois de ter fornecido dados errados numa nota ao Conselho da UE apensa ao currículo de José Guerra, ainda que a estrutura já tenha corroborado a posição do executivo português de que os "lapsos" relativos à proposta de nomeação do magistrado não interferiram na decisão da sua nomeação.

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