As autoridades de Pequim "deveriam impedir a disseminação do aventureirismo militar nas suas fileiras", disse Tsai Ing-wen durante seu discurso de Ano Novo.
"O uso de meios militares não é uma opção para resolver disputas entre as duas partes", frisou.
Pequim aumentou a sua pressão na Ilha Democrática desde que o presidente Tsai Ing-wen assumiu o poder em 2016, que acredita que Taiwan é soberano e não faz parte da China.
Nos últimos meses, a força aérea militar chinesa fez um número recorde de incursões na Zona de Identificação de Defesa Aérea (Adiz) de Taiwan.
Pequim vê a ilha como uma província rebelde que deve ser reunificada com o continente, pela força se necessário.
No seu discurso de Ano Novo, o presidente chinês Xi Jinping, por sua vez, declarou que "a reunificação completa de pátria é uma aspiração compartilhada pelo povo" da China e de Taiwan.
O ministério da defesa de Taiwan alertou em outubro que as tensões militares com a China atingiram seu ponto mais alto em quatro décadas.
Nos últimos anos, Pequim também intensificou seus esforços para isolar Taiwan no cenário internacional.
A China considera qualquer declaração oficial de um Taiwan "independente" como uma provocação e tem repetidamente ameaçado as consequências para os países que apoiam Taipei.