Segundo a carta de notificação - a primeira etapa de um processo de infração - Portugal (bem como a Polónia e a Roménia) não assegurou "a adequada proteção de habitats e espécies indígenas com a designação de zonas de proteção da natureza", conforme previsto na legislação comunitária.
Em causa estão as diretivas 92/43/CEE relativa aos 'habitats' e a 2009/147/CE relativa às aves, relativa à rede natura 2000, e ao abrigo das quais os Estados-membros deveriam ter proposto todos os sítios adequados de importância comunitária.
Bruxelas considera que Portugal não propôs todos os sítios e os que foram propostos "não abrangem de forma adequada os vários tipos de 'habitats' e espécies que necessitam de proteção".