Durante meses Cabrita esteve envolvido em polémicas que levaram a um desgaste da sua imagem, bem como a pedidos frequentes de demissão, principalmente do CDS/PP e PSD, mas foi em 03 de dezembro, quando foi conhecida a acusação do Ministério Público (MP) do acidente rodoviário provocado pelo carro em que seguia na zona de Évora, que Eduardo Cabrita saiu do cargo.
O MP acusou o motorista de Cabrita de homicídio por negligência no acidente de 18 de junho de 2021 em que foi atropelado na autoestrada A6 um trabalhador que fazia a manutenção da via na zona de Évora.
Segundo o MP, o motorista do ex-ministro conduzia um "veículo automóvel em violação das regras de velocidade e circulação previstas no Código da Estrada" ao seguir a 166 quilómetros por hora.
Eduardo Cabrita, que esteve meses quase num total silêncio sobre o acidente, falou aos jornalistas na manhã em que foi conhecida a acusação para afirmar: "Eu sou um passageiro", mas ao final da tarde anunciou a sua demissão numa declaração aos jornalistas sem lugar a perguntas.
O político tomou posse como ministro da Administração Interna em 21 de outubro de 2017, substituindo Constança Urbano de Sousa, que se demitiu do cargo após os trágicos incêndios de 2017, e, em outubro de 2019, foi reconduzido depois das eleições legislativas.
Quando chegou ao Ministério da Administração Interna tinha como grande missão alterar e melhorar o sistema de combate aos incêndios rurais, depois dos fogos de 2017 que causaram milhares de prejuízos e mais de 100 mortos, mas o seu mandato foi marcado por várias controversas, além do acidente rodoviário.
O caso das golas antifumo, um processo que ainda não está em concluído por parte do MP e que investiga os negócios efetuados no âmbito do programa Aldeia Segura/Pessoas Seguras, a gestão do surto de covid-19 entre trabalhadores agrícolas migrantes no concelho de Odemira e os festejos, em maio de 2021, do Sporting como campeão nacional de futebol, foram polémicas que marcaram o seu percurso no MAI.
No entanto, foi a morte do ucraniano Ihor Homeniuk nas instalações do Serviço de Estrangeiros e Fronteiras (SEF) no aeroporto de Lisboa, em março de 2020, um dos casos em que o ex-ministro da Administração Interna foi mais visado, apesar de Eduardo Cabrita ter garantido que agiu sempre dentro das suas competências.
Este caso levou à demissão da diretora nacional do SEF, Cristina Gatões, à acusação de três inspetores e a processos disciplinares a elementos deste serviço por parte da Inspeção-Geral da Administração Interna.
O Governo deu depois início à reestruturação desta força de segurança, ficando Cabrita conhecido como o ministro que iniciou a reforma que vai levar à extinção do SEF, embora ela só se deva concretizar em maio de 2022.
A reforma do SEF constava do programa do Governo, mas foi depois da morte do cidadão ucraniano que foi anunciada.
Quando confrontado no parlamento com os episódios de "incompetência" de Eduardo Cabrita, o primeiro-ministro respondeu: "Quem me dera que o meu problema fosse o MAI. Tenho um excelente MAI".
Durante os quatro anos que esteve à frente do ministério, Cabrita foi alvo de contestação, nomeadamente dos sindicatos da PSP e das associações socioprofissionais da GNR, sendo a mais recente provocada pela atribuição do subsídio de risco.
Entre as suas reformas destaca-se a profissionalização dos bombeiros, a reestruturação na Proteção Civil e introdução de melhorias na rede de comunicações do Estado SIRESP.
A ministra da Justiça, Francisca van Dunen, substituiu-o no cargo e acumula funções até às eleições legislativas antecipadas de 30 de janeiro.
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