"Bongbong" Marcos, como é conhecido, de 64 anos, teve mais 30,8 milhões de votos segundo os resultados não oficiais, citados pela agência Associated Press (AP).
O oponente mais próximo, a vice-presidente Leni Robredo, defensora dos direitos humanos, teve 14,7 milhões de votos, enquanto o pugilista Manny Pacquiao, deverá ser o terceiro mais votado, com 3,5 milhões.
Sara Duterte, filha mais velha do chefe de Estado cessante, tem também uma grande vantagem para a eleição para a vice-presidência, um escrutínio diferente e ao qual se apresentaram nove candidatos.
Nesta eleição de uma volta, um candidato só precisa de obter mais votos do que os seus rivais para vencer.
A confirmar-se a vitória, Marcos Jr., 64 anos, substituirá o controverso Rodrigo Duterte como Presidente das Filipinas por um único mandato de seis anos.
O pai do candidato, Ferdinand Marcos, foi deposto em 1986, após uma revolução popular pacífica que pôs fim a um regime corrupto e despótico de 21 anos.
O antigo Presidente das Filipinas morreu em 1989, no Havai.
Com uma população de mais de 111 milhões de pessoas, maioritariamente católicas, a antiga colónia espanhola das Filipinas é um arquipélago do Sudeste Asiático com mais de 7.000 ilhas e ilhéus.
A aliança dos descendentes de líderes autoritários está a aumentar as preocupações dos ativistas dos direitos humanos.
Dezenas de manifestantes anti-Marcos reuniram-se na Comissão de Eleições, culpando o organismo pela avaria das máquinas de contagem de votos e outros problemas que impediram as pessoas de votar.
As autoridades eleitorais asseguraram que o impacto das máquinas com defeito foi mínimo.
"Uma possível vitória com base em uma campanha construída em mentiras descaradas, distorções históricas e enganos em massa equivale a ludibriar seu caminho para a vitória", realçou a organização Campanha Contra o Retorno de Marcos e a Lei Marcial.
A Amnistia Internacional manifestou profunda preocupação com a postura de Marcos Jr. e Sara Duterte em evitarem discussões sobre violações de direitos humanos, passadas e presentes, nas Filipinas.
Já a Human Rights Watch pediu a Marcos Jr., caso assuma o cargo, para melhorar a situação dos direitos humanos nas Filipinas.
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