A vítima foi identificada pelo ministério como Nabil Ghanem, de 53 anos, um trabalhador da cidade de Nablus, no norte da Cisjordânia.
O exército israelita disse à Agência France-Presse (AFP) que está a investigar o incidente.
De acordo com a agência de notícias Wafa, Nabil Ghanem estava entre as dezenas de milhares de trabalhadores palestinianos da Cisjordânia que viajam todos os dias para Israel, onde recebem salários mais elevados, sobretudo nos setores da construção e agricultura.
Este incidente ocorre dois dias após a morte de três palestinianos armados, incluindo um comandante local do movimento islâmico Hamas, em confrontos com o exército israelita na zona de Jenin (norte da Cisjordânia), onde as operações foram reforçadas depois de uma série de ataques, em março, que provocaram pelo menos 19 mortos em Israel.
Desde esses ataques, pelo menos 45 palestinianos, incluindo membros de fações armadas, foram mortos na Cisjordânia em diferentes incidentes envolvendo o exército israelita.
O Hamas, no poder na Faixa de Gaza - um território geograficamente separado da Cisjordânia ocupada e sob bloqueio israelita - ameaçou na sexta-feira o Estado hebraico com represálias, após a morte de um de seus comandantes locais durante uma operação em Jenin.
No sábado, um 'rocket' (foguete) foi disparado da Faixa de Gaza em direção a Israel, que respondeu com ataques sobre este enclave de 2,3 milhões de habitantes.
Leia Também: Washington critica relatório "unilateral e enviesado" sobre territórios palestinanos