A deslocação, confirmada por Bruxelas, serve ainda para celebrar a Declaração de Independência da Estónia, uma antiga república da ex-União Soviética.
Em Talin, von der Leyen, Stoltenberg e a primeira-ministra estónia, Kaja Kallas, darão uma conferência de imprensa conjunta.
Em janeiro passado, a Rússia ordenou a expulsão do embaixador da Estónia em Moscovo e reduziu as relações com Talin ao nível de encarregado de negócios, apontando a "total russofobia" estoniana.
A medida seguiu-se à expulsão, no início de janeiro, de 21 diplomatas russos e outros funcionários da embaixada da Federação Russa em Talin.
A ofensiva militar russa no território ucraniano, lançada a 24 de fevereiro do ano passado, mergulhou a Europa naquela que é considerada a crise de segurança mais grave desde a Segunda Guerra Mundial (1939-1945).
A invasão russa causou até agora a fuga de mais de 14 milhões de pessoas -- 6,5 milhões de deslocados internos e mais de oito milhões para países europeus -, de acordo com os mais recentes dados da ONU.
Neste momento, pelo menos 17,7 milhões de ucranianos precisam de ajuda humanitária e 9,3 milhões necessitam de ajuda alimentar e alojamento.
A invasão russa - justificada pelo presidente russo, Vladimir Putin, com a necessidade de "desnazificar" e desmilitarizar a Ucrânia para segurança da Rússia - foi condenada pela generalidade da comunidade internacional, que tem respondido com envio de armamento para a Ucrânia e imposição à Rússia de sanções políticas e económicas.
A ONU apresentou como confirmados desde o início da guerra mais de 7 mil civis mortos e mais de 11 mil feridos, sublinhando que estes números estão muito aquém dos reais.
Leia Também: "Estupidez". Medvedev lança farpas a von der Leyen e Borrell