O comunicado do Ministério foi divulgado quando se intensificam os apelos para a secessão no sudeste do país e após vários dias de confrontos com as forças de segurança e intercomunitários.
O líder independentista, Nnamdi Kanu, foi libertado no início do ano, depois de ter sido preso em 2015, o que conduziu a vários protestos.
Os militares garantem que o movimento, designado Movimento Independentista para os Povos Indígenas do Biafra (IPOB), formou um serviço de informações e uma guarda nacional.
O IPOB, fundado em 2013, "metamorfoseou-se aos poucos" para se tornar num "desafio à segurança", declarou, no comunicado, o porta-voz da Defesa, John Enenche.
"A formação de um serviço secreto biafrense", "a formação proclamada de uma guarda nacional biafrense" e "o bloqueio não autorizado de vias públicas", entre outros atos, conduziram à classificação do IPOB como uma "organização terrorista militante", justificou.
Os independentistas foram também acusados de terem atacado postos de controlo militar -- com pedras, catanas e cocktails Molotov -- e procurado o confronto com os militares desde há uma semana.
Os últimos dias foram marcados pela violência entre os militares e membros do IPOB na cidade petrolífera de Port Harcourt e no Estado de Abia, no sudeste do país, para onde foram destacados militares e instalados pontos de controlo de forma massiva.
O IPOB denunciou ações de repressão sangrenta pelo poder central, garantindo que os soldados mataram vários dos seus militantes, designadamente durante um ataque, na quarta-feira, à residência do seu líder, Nnamdi Kanu, em Umuahia, capital de Abia.
O exército desmentiu estas acusações, que não puderam ser verificadas de fonte independente.
Um comissariado de polícia foi incendiado na manhã de quinta-feira em Aba, centro económico do Estado de Abia, segundo o porta-voz da polícia estadual, Geofrey Ogbonna.
A Amnistia Internacional já se declarou "profundamente preocupada" por esta violência e pelas "perdas de vidas presumidas através da Nigéria", depois dos confrontos em Umuahia, afirmando que está a investigar "as alegações de violação dos direitos do homem".
O grupo reivindica a criação de uma República do Biafra. Em 1967, a declaração unilateral de independência da região, onde os Igbo são a grande maioria, resultou numa guerra civil, que durou três anos e provocou mais de um milhão de mortes, na sua maioria devido a doenças e fome.
Os Igbo são um dos maiores grupos étnicos do país, mas que, não obstante, permanecem marginalizados na política.
O líder dos IPOB, Nnamdi Kanu, é acusado de traição e atentado à segurança do Estado. O julgamento, que aguarda em liberdade provisória sob caução, deve começar em Abuja no próximo mês.
Os seus 18 meses de detenção atiçaram a cólera e o sentimento de exclusão dos biafrenses.
No Estado de Abia, epicentro da violência e das reivindicações independentistas, a calma regressou hoje, mas o governador Okezie Ikpeazu prolongou até domingo o recolher obrigatório, que tinha instaurado no início da semana.
Outros governadores lançaram hoje apelos à calma, depois da violência no sudeste, receando o contágio dos confrontos e que assumam uma dimensão interétnica.
Em Jos, a capital do Estado central do Plateau, o governador Simon Lalong deplorou a violência "totalmente inútil" entre as comunidades haoussa, etnia dominante no Norte, e igbo, e impôs um recolher obrigatório.
Jos, que se situa no cruzamento do norte principalmente muçulmano e do sul maioritariamente cristão, tem sido palco de violências mortíferas no passado.
Em junho, grupos muçulmanos radicais de Kaduna, no norte, lançaram um ultimato aos Igbo instalados neste Estado para que se fossem embora.
