Se for opção do selecionador Fernando Santos na Arena Otkrytie, o médio português vai entrar no restrito 'grupo dos 100', em que fazem parte Cristiano Ronaldo (140), Luís Figo (127), Fernando Couto (110) e Nani (109).
Formado pelos 'leões', Moutinho vestiu pela primeira vez a camisola da seleção principal a 17 de agosto de 2005, num particular frente ao Egito, em São Miguel, no Açores, que Portugal venceu por 2-0. O médio, na altura com apenas 18 anos, foi lançado por Luiz Felipe Scolari no arranque da segunda parte.
Em destaque no Sporting, Moutinho chamou a atenção do técnico brasileiro, mas acabou por ficar de fora do lote final de convocados para o Mundial2006.
Após falhar a competição que decorreu na Alemanha, e em que a seleção nacional alcançou as meias-finais, o jogador algarvio ganhou espaço na equipa de Scolari e foi selecionado para estar no Euro2008, na Áustria e Suíça, tendo participado em todos os jogos de Portugal na prova (foi eliminado nos quartos de final).
Com a chegada de Carlos Queiroz ao cargo de selecionador, Moutinho acabou por ser menos utilizado e falhou mesmo a presença no Mundial2010, na África do Sul, em que Portugal foi eliminado nos oitavos de final.
Primeiro com Paulo Bento, e depois com Fernando Santos, João Moutinho tornou-se 'dono' do meio campo de Portugal e somou mais três presenças em fases finais, incluindo no Euro2016, em que se sagrou campeão europeu.
Ao todo, aos 30 anos, o 'pequeno' médio (mede 1,71 metros) esteve em três Campeonatos da Europa e num Mundial.
O jogador do Mónaco está a caminho de fazer parte do restrito grupo de centenários, mas no capítulo dos golos soma apenas cinco, enquanto Rui Costa, que atuava como médio mais ofensivo, despediu-se da seleção com 26.
Moutinho marcou pela primeira a 31 de maio de 2008, num particular com a Geórgia (2-0), em Viseu, num jogo que serviu de preparação para a fase final do Euro2008.
Dos sete golos marcados com a camisola das 'quinas', o mais importante aconteceu a 08 de outubro de 2015, em Braga, num remate certeiro que garantiu o triunfo sobre a Dinamarca (1-0) e confirmou o apuramento de Portugal para o Euro2016.
Já durante a qualificação para o Mundial2018, Moutinho assinou o seu nome na lista de marcadores na goleada alcançada na Ilhas Faroé, por 6-0.
