O tribunal militar de Ouagadougou também condenou a prisão perpétua o comandante da sua guarda Hyacinthe Kafando e o general Gilbert Diendéré, um dos líderes do exército durante o golpe de 1987.
O general Diendéré já está a cumprir uma pena de prisão de 20 anos pelo seu envolvimento numa tentativa de golpe em 2015, um ano após a queda de Blaise Compaoré, na sequência de uma revolta popular.
Blaise Compaoré, no exílio desde 2014 na Costa do Marfim, e Hyacinthe Kafando, em fuga desde 2016, não compareceram neste julgamento, que começou há seis meses.
Os três homens são condenados por "ataque à segurança do Estado". Blaise Compaoré e Gilbert Diendéré foram também considerados culpados de "cumplicidade no assassinato" e Hyacinthe Kafando, suspeito de ter liderado o comando que matou Thomas Sankara, de "assassinato".
Têm 15 dias para recorrer destas pesadas sentenças.
Os juízes foram além das exigências da acusação militar, que tinha pedido 30 anos de prisão contra Compaoré e Kafando e 20 anos contra Diendéré.
Oito outros arguidos foram condenados a penas entre três e 30 anos de prisão. Três arguidos foram absolvidos.
O veredicto foi saudado por aplausos na sala de audiências, segundo relatou a agência AFP.
Afastado do poder em 2014 após uma forte contestação nas ruas, Blaise Compaoré vive desde então na Costa do Marfim e é o grande ausente deste julgamento, tendo os seus advogados denunciado "um tribunal de exceção".
'Braço direito' de Sankara, Blaise Compaoré sempre negou ter sido o mandatário do massacre.
As circunstâncias da morte de Sankara foram mantidas em total segredo durante o período em que Blaise Compaoré esteve no poder e isso, só por si, faz aumentar as suspeitas sobre si.
Thomas Sankara, que chegou ao poder através de um golpe de Estado em 1983, foi morto com 12 dos seus companheiros por um comando durante uma reunião na sede do Conselho Nacional da Revolução (CNR) em Ouagadougou. Tinha 37 anos.
Deixou uma marca indelével em África, onde ficou conhecido com o "Che Guevara Africano", que queria "descolonizar as mentalidades" e perturbar a ordem mundial através da defesa dos pobres e oprimidos.
Logo no ano seguinte à sua chegada ao poder, Sankara mudou o nome do país, numa tentativa de enterrar com as insígnias da República do Alto Volta a herança do poder colonial francês. O país de Sankara passou a chamar-se República Democrática e Popular do Burkina Faso, que significa "país do povo honesto".
Sankara é uma referência ainda muito presente junto dos burquinabês - foi citado pelo novo homem forte do país, Sandaogo Damiba, no seu primeiro discurso ao país - mas mantém igualmente um lugar de destaque no panteão dos ícones pan-africanos.
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