Zayd Mohammed Ghouneim sofreu graves ferimentos por balas, nas costas e no pescoço, e morreu já no hospital, adiantou o ministério em comunicado.
O Exército israelita disse à agência France-Presse (AFP) que soldados foram atacados por pedras e bombas incendiárias enquanto realizavam uma patrulha de rotina na cidade palestiniana de Al-Khader, a sul de Belém.
"Os suspeitos atiraram pedras e bombas incendiárias improvisadas ('cocktail molotov'), colocando a vida dos soldados em perigo. Os soldados responderam com fogo real. Uma pessoa ferida foi identificada", acrescentou o Exército israelita em comunicado.
Dezanove pessoas, a maioria civis, morreram em ataques em Israel e na Cisjordânia, realizados por palestinianos e árabes israelitas desde o final de março.
As forças de segurança israelitas responderam com operações em Israel e na Cisjordânia ocupada por Israel.
Trinta e cinco palestinianos e três atacantes árabes israelitas morreram em Israel e na Cisjordânia, em parte membros de grupos armados, mas também civis, incluindo a jornalista Shireen Abu Akleh, da rede Al Jazeera, que cobria uma operação em Jenin.
Um polícia israelita também foi morto durante a operação na Cisjordânia.
Israel conquistou Jerusalém Oriental durante a Guerra israelo-árabe dos Seis Dias, em junho de 1967, juntamente com a Cisjordânia e a Faixa de Gaza.
Posteriormente, anexou Jerusalém Oriental, uma decisão nunca reconhecida pela comunidade internacional.
Os palestinianos pretendem recuperar a Cisjordânia ocupada e Gaza e reivindicam Jerusalém Oriental como capital do futuro Estado da Palestina a que aspiram.