O ataque aconteceu esta manhã na base militar em Aato (oeste), disse o comandante Mustafa Geedi, a partir da cidade vizinha de Elbarde.
De acordo com Geedi, pelo menos 20 pessoas "de ambos os lados" foram mortas e cerca de 35 ficaram feridas.
Desde meados deste mês, os combatentes do Al-Shebab tentaram por duas vezes entrar na vizinha Etiópia com ataques, mas as operações do exército etíope conseguiram até agora fazê-los retroceder.
Cerca de 240 terroristas e pelo menos 20 soldados etíopes foram mortos durante os confrontos, disseram fontes das forças de segurança.
A Somália tem sofrido um aumento no número de ataques do Al-Shebab nas últimas semanas.
O ministro da Justiça do estado do Sudoeste, Hassan Ibrahim Lugbur, e mais seis pessoas foram hoje mortas num ataque bombista na cidade de Baidoa, no sudoeste do país.
O Al-Shebab, um grupo filiado desde 2012 na rede Al-Qaida, realiza frequentemente ataques terroristas na capital somali, Mogadíscio, e outras partes da Somália para derrubar o governo central e estabelecer à força um estado islâmico Wahhabi (ultraconservador).
O Al-Shebab controla partes da Somália, especialmente zonas rurais no centro e sul, e ataca nações vizinhas como o Quénia.
A Somália encontra-se em estado de guerra e caos desde 1991, quando o ditador Mohamed Siad Barre foi derrubado, deixando o país sem um Governo eficaz e nas mãos de milícias e senhores da guerra islâmicos.
Leia Também: ONU denuncia novo ataque contra uma base da sua missão na RDCongo