O ministério disse que Alaa Zaghal, 21 anos, morreu com um tiro na cabeça, em Deir al-Hatab, a leste de Nablus.
O exército disse que iria comentar o incidente após as férias do Yom Kippur.
Os meios de comunicação locais relataram que um comboio blindado cercou a casa de Salman Omran, que publicou um vídeo não verificado em linha a pedir apoio.
Um jornalista da Associated Press (AP) assistiu à troca de tiros e ao arremesso de pedras entre jovens palestinianos e os soldados israelitas.
A agência noticiosa WAFA disse que Omran se rendeu depois de um bulldozer israelita se ter aproximado da sua casa, não tendo avançado a razão de ele ser procurado pelas forças israelitas.
O Crescente Vermelho Palestiniano disse que sete pessoas ficaram feridas, incluindo três jornalistas, durante os confrontos e que uma das suas ambulâncias tinha sido atingida por gás lacrimogéneo.
Israel efetuou incursões semelhantes quase em todas as noites na Cisjordânia, desde a primavera, após uma série de ataques palestinianos contra israelitas, que mataram 19 pessoas.
Israel diz que as suas operações visam desmantelar infraestruturas militantes e prevenir futuros ataques, e que tem sido forçado a agir devido à ineficácia por parte das forças de segurança palestinianas.
Para os palestinianos, os ataques noturnos às suas cidades, aldeias e vilas minaram as forças de segurança palestinianas e reforçaram o controlo de Israel sobre as terras que os palestinianos querem para o seu esperado Estado.
As rusgas israelitas mataram cerca de 100 palestinianos, tornando este ano o mais mortífero desde 2015. A maioria dos mortos é considerada por Israel como tendo sido militantes, mas os jovens locais que protestaram contra as incursões, bem como alguns civis, também foram mortos na violência. Centenas foram reunidas, tendo muitos sido colocados na chamada detenção administrativa, o que permite a Israel detê-los sem julgamento ou acusação.
As rusgas aumentaram as tensões na Cisjordânia, com um recente aumento dos ataques de tiros palestinianos contra israelitas.
A juventude palestiniana acusa uma crescente desilusão devido à estreita coordenação de segurança entre a Autoridade Palestiniana israelita e a Autoridade Palestiniana apoiada internacionalmente, que trabalham em conjunto para prender os militantes.
Israel capturou a Cisjordânia na guerra do Médio Oriente de 1967 e 500.000 colonos judeus vivem agora em cerca de 130 colonatos e outros postos avançados, entre quase três milhões de palestinianos. Os palestinianos querem esse território, juntamente com Jerusalém Oriental e a Faixa de Gaza, para o seu futuro Estado.
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