"O Boko Haram atacou as ilhas de Duguri e Dabar Wanzam e mataram 31 pessoas", disse Babakura Kolo, membro das milícias civis, à agência noticiosa francesa AFP.
"Catorze foram mortos em Duguri e 17 em Dabar Wanzam", detalhou.
Os pescadores da região de Baga vão com regularidade ao lago, por vários dias, a bordo de embarcações de madeira, explicou Musa Ari, membro de outra milícia que opera na zona.
Musa Ari também confirmou o ataque perpetrado no fim de semana naquela região devastada por anos de conflito, de acesso praticamente impossível e sem comunicações.
O alerta foi dado por Sallau Inuwa, um pescador de Baga, que se deslocou na segunda-feira à capital do estado de Borno, Maiduguri.
"Os combatentes dividiram-se em dois grupos", relatou à AFP.
Segundo a mesma fonte, os extremistas pouparam a vida de um pescador para o obrigar depois a transportar os corpos dos seus camaradas até Baga: uma ameaça com o objetivo de dissuadir todo o comércio e exploração do lago pela população civil.
O exército levantou recentemente as interdições de pesca no lago, permitindo aos habitantes das aldeias, que dependem em grande parte da ajuda alimentar para subsistir, abstecerem-se sozinhos.
Toda a atividade comercial foi proibida durante dois anos devido à suspeita de que os pescadores utilizavam esse lucrativo comércio como fonte de receita para o grupo.
Nenhuma fonte oficial ou militar comentou os novos ataques que se intensificaram nos últimos meses na região.
Apesar de o exército nigeriano ter recuperado o controlo de Baga em fevereiro de 2015, os arredores da cidade permanecem inacessíveis.
Os combatentes utilizam as ilhas que pontilham o Lago Chade como bases.
O lago Chade, situado entre a Nigéria, os Camarões, o Chade e o Níger, é palco há vários anos de ataques daquele grupo extremista que, em 2009, iniciou uma revolta no nordeste da Nigéria que já fez mais de 20.000 mortos e 2,6 milhões de deslocados.