Ao longo das últimas semanas, a escolha da ex-ministra do Mar e deputada do Partido Socialista (PS) para presidir ao órgão regulador suscitou várias críticas e dúvidas sobre a independência da representante, nomeadamente do Partido Social-Democrata (PSD), do CDS-PP e do PAN.

"Trata-se de uma nomeação feita pelo Governo da esposa de um outro ministro [Eduardo Cabrita], que não o que nomeia [Pedro Nuno Santos], mas, mais relevante do que isso, de uma deputada do PS", afirmou, em 08 de junho, o presidente do PSD, Rui Rio, ressalvando, na mesma ocasião, que não ponha em causa as competências técnicas da antiga ministra do Mar.

No dia seguinte, o ministro das Infraestruturas e Habitação, Pedro Nuno Santos, rejeitava as críticas quanto à escolha da ex-ministra, afirmando que a Ana Paula Vitorino garantia "independência face aos regulados".

Em meados de junho, a Comissão de Recrutamento e Seleção para a Administração Pública (CReSAP) aprovou a escolha da ex-ministra do Mar para a presidência da AMT.

Em 01 de julho, numa audição no parlamento, Ana Paula Vitorino rejeitou as acusações de falta de isenção.

Como personalidade indigitada para liderar o regulador, Ana Paula Vitorino foi ouvida na Comissão de Economia, Inovação, Obras Públicas e Habitação e garantiu então que, das suas anteriores funções governativas, de deputada e outras atividades que levou a cabo, "não resulta qualquer incompatibilidade e impedimento" à sua nomeação como presidente da AMT.

"Sou idónea, cumpridora da lei, isenta e livre. Não tenho obediências partidárias", declarou na mesma ocasião, quando confrontada pelos deputados que a questionaram sobre a sua ligação ao programa do Governo do PS e a ligações familiares.