O primeiro-ministro, Shinzo Abe, criou um grupo de trabalho e prometeu fazer o máximo para resgatar os desaparecidos, anunciando que cerca de dez mil soldados foram mobilizados para as operações de resgate.
As autoridades japonesas já tinham ordenado a retirada de cerca de 75 mil pessoas no sudoeste do país, devido às fortes chuvas das últimas horas e que devem continuar este fim de semana.
A Agência Meteorológica do Japão divulgou o nível mais alto de alerta na escala de emergência para as duas regiões mais afetadas e também pediu aos habitantes dessas áreas que deixassem as casas e fossem para lugares designados para se protegerem.
As imagens de televisão da emissora pública nipónica, a NHK, mostraram grandes áreas da cidade de Hitoyoshi, em Kumamoto, inundadas por águas barrentas que jorraram do rio Kuma. Muitos carros estavam submersos.
Deslizamentos de terra destruíram casas e águas das enchentes arrastaram troncos de árvores.
No distrito de Tsunagimachi, duas das três pessoas soterradas devido aos deslizamentos de terra foram resgatadas já sem sinais vitais.
As equipas de resgate ainda procuravam a terceira pessoa.
A NHK noticiou que pelo menos 13 pessoas estão desaparecidas.
As autoridades de Kumamoto dizem que ainda estão a avaliar a extensão dos danos.
As inundações também cortaram as linhas de energia e comunicação. Cerca de oito mil casas em Kumamoto e na vizinha Kagoshima estavam sem eletricidade, de acordo com a Kyushu Electric Power Co.