"As conclusões das referidas investigações conduzirão, se os factos forem estabelecidos, a processos judiciais contra os responsáveis por estes atos", disse o porta-voz do governo, Jean-Emmanuel Ouedraogo, numa declaração feita na quinta-feira.
"Não haverá impunidade para os perpetradores comprovados de violações dos direitos humanos no Burkina Faso", assegurou.
O anúncio das investigações surge em resposta a apelos do Alto Comissariado das Nações Unidas para os Direitos Humanos para investigar o vídeo, que circulou nas redes sociais a partir de meados de fevereiro.
A agência Associated Press (AP) publicou este mês as suas próprias conclusões sobre o vídeo e a sua investigação concluiu que as forças de segurança do Burkina Faso mataram as crianças numa base militar fora da cidade de Ouahigouya.
Parentes de um dos rapazes, Adama, de 16 anos, disseram que ele tinha vindo alimentar o gado quando as forças de segurança o detiveram e mais tarde o mataram.
Desde 2015 que combatentes fundamentalistas islâmicos ligados à Al-Qaida e ao grupo extremista do Estado islâmico têm vindo a empreender uma insurreição violenta no Burkina Faso.
A violência matou milhares de pessoas e obrigou cerca de 2 milhões a abandonar as suas áreas de residência, desestabilizando e expondo fraturas, conduzindo a dois golpes de Estado no ano passado.
Desde que o capitão Ibrahim Traore tomou o poder em setembro, no segundo golpe, as execuções extrajudiciais de civis aumentaram e as liberdades cívicas diminuíram, de acordo com grupos de direitos e residentes.
A promessa do governo de levar os perpetradores à justiça marcou uma mudança brusca em relação à sua resposta inicial às mortes capturadas no vídeo.
Na altura da publicação da investigação da AP, as autoridades disseram que as forças de segurança do Burkina Faso não estavam envolvidas e que fundamentalistas islâmicos frequentemente se disfarçam de militares e filmam assassínios a fim de culpar as autoridades.
O Governo também reprimiu os jornalistas dias depois de o jornal francês Liberation ter publicado a sua própria história sobre os assassínios.
A correspondente do Liberation, Agnes Faivre, e Sophie Douce, correspondente francesa do jornal francês Le Monde, foram expulsas e tiveram apenas 24 horas para deixarem o país sem qualquer explicação.
Organizações de defesa dos direitos humanos dizem que o anúncio do governo foi um passo na direção certa, mas apenas se as investigações prometidas derem resultados e reforçarem a proteção dos direitos humanos.
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