Em 2009, o Governo, então chefiado por José Sócrates, assinou um acordo de PPP com aquele grupo privado de saúde que previa a construção e gestão clínica do novo Hospital de Braga, substituindo o desatualizado Hospital de S. Marcos, um investimento de 167 milhões de euros e que pretendia atender às necessidades de cerca de um milhão e 400 mil pessoas.
O acordo entre o Ministério da Saúde e o grupo previa a abertura de 704 camas, 12 salas de cirurgia e 40 gabinetes de consulta, tendo sido feita a inauguração do novo edifício a 13 de maio de 2011, dois anos depois de a José de Mello Saúde (JMS) assumir a gestão do Hospital de S. Marcos.
O inicio da parceria foi marcada por vários episódios e percalços, desde greves a manifestações de funcionários que não transitaram de uma instalação para a outra, a criticas do PCP e BE, que "desde o primeiro momento" se mostraram contra a assinatura da PPP, multas por incumprimento do acordo estabelecido, denúncias de falta de medicamentos, de recusa de doentes e até processos disciplinares a funcionários por comentários em redes sociais.
Apesar das críticas e dos "momentos tensos", o Governo, já então sob a batuta de Passos Coelho, elogiou sempre o trabalho da PPP, e Paulo Macedo, então ministro da Saúde, garantiu a existência de uma "melhoria" na acessibilidade dos utentes aos cuidados de saúde devido àquela parceria.
Segundo contas da JMS, apresentadas este ano, a PPP poupou ao Estado entre 300 a 400 milhões de euros, mas mesmo com o Hospital a registar números "bastante acima" da média nacional em termos de consultas e cirurgias, as críticas continuaram.
Avolumaram-se denúncias no atraso de consultas e cirurgias em várias especialidades, queixas do parceiro privado sobre os montantes a transferir e o desacordo entre o Estado e a JMS acabou com a atual ministra da Saúde, Marta Temido, a anunciar a 12 de dezembro de 2018 que a PPP não iria ter continuidade por "indisponibilidade definitiva" da JSM.
Após o anúncio de Marta Temido, medida muito criticada pelo CDS-PP e pelo PSD e aplaudida pelo BE e PCP, e com o Governo a afastar em definitivo a possibilidade de abrir concurso para uma nova PPP, a decisão de passar a gestão para a esfera pública efetivou-se com a aprovação em Conselho de Ministros da criação do Hospital de Braga Entidade Pública-Empresarial (EPE) a 02 de maio.
A 25 de maio a criação da nova entidade foi promulgada pelo Presidente da República, Marcelo Rebelo de Sousa, sendo que o Governo nomeou a 30 de maio para presidente do conselho de administração do Hospital de Braga João Porfírio Carvalho de Oliveira com o objetivo de "assegurar a transmissão da gestão daquele estabelecimento hospitalar" para a esfera do Estado.
Embora a gestão clínica passe a partir de domingo a ser responsabilidade do Estado, por resolver está ainda uma contenda com ex-parceiro, isto porque a 06 de fevereiro o tribunal arbitral deu razão à José de Mello Saúde quanto ao pagamento de 17 milhões de euros que o Estado terá de fazer pelos custos do tratamento de doentes com VIH/sida.
No início de 2018, o grupo recorreu ao tribunal arbitral reclamando o pagamento de 33 milhões de euros ao Estado pelos custos do tratamento em ambulatório de doentes com VIH/sida, esclerose múltipla e hepatite C.
No Serviço Nacional de Saúde continuam a funcionar em PPP os hospitais de Loures, Cascais e Vila Franca de Xira.
