"Mohammed Hamayel morreu depois de levar um tiro na cabeça em Nablus", disse o ministério em comunicado.
Segundo a agência de notícias palestina Wafa, 17 pessoas ficaram feridas durante os confrontos, duas das quais estão em estado grave.
Contactado pela agência de notícias AFP, o exército israelita não prestou declarações.
Os confrontos começaram no início da manhã hoje, depois de centenas de palestinianos se reunirem ao sul de Nablus após rumores de que israelitas estavam a tomar posse de terras, segundo um correspondente da AFP.
Os soldados israelitas, alguns dos quais usavam máscaras para se protegerem do novo coronavírus (Covid-19), dispararam gás lacrimogéneo, balas de borracha e munição real para dispersar a multidão.
Mais de 450.000 colonos israelitas vivem entre cerca de 2,7 milhões de palestinianos na Cisjordânia, território palestiniano ocupado desde 1967 por Israel.