"Não temos conhecimento de quaisquer relatos de danos", disse o porta-voz da agência, Yoshimasa Hayashi, em conferência de imprensa.
A agência levantou os alertas às 11:00 (03:00 em Lisboa), depois de as mudanças no nível da maré terem diminuído, noticiou o canal de televisão japonês NHK.
Um tsunami de meio metro de altura atingiu Yaene, na ilha de Hachijo (Izu) e mais baixo em Miyake e Kozu, disse a agência.
"Continuamos a aconselhar as pessoas a manterem-se afastadas do mar e a estarem atentas às informações e a agirem com calma", acrescentou Hayashi, adiantando que o Governo japonês tinha formado "um grupo para recolher informações" sobre o sismo e o subsequente tsunami.
Devido ao tsunami, os ferries que ligam Tóquio e Atami (na prefeitura de Shizuoka, a sudoeste da capital) à ilha de Oshima foram cancelados, mas os serviços podem ser restabelecidos esta tarde (hora local) se as condições na região o permitirem.
As ilhas atingidas pelo tsunami, Hachijo e Miyake, pertencem ao grupo das ilhas Izu, situadas a mais de 100 quilómetros a sul de Tóquio. Imagens captadas por câmaras instaladas nos portos locais mostraram a subida do nível do mar e como algumas das instalações portuárias ficaram cobertas de água.
O sismo de 5,9 de magnitude, na escala aberta de Richter, que desencadeou o tsunami, ocorreu às 08:14 (00:14 em Lisboa) a uma profundidade de 10 quilómetros abaixo do fundo do mar nas águas ao largo da ilha de Torishima, a sul do arquipélago de Izu, indicaram as autoridades.
Depois do sismo, a agência meteorológica japonesa ativou um alerta de tsunami de até um metro para as ilhas Izu e Ogasawara (a cerca de 1.000 quilómetros da região da capital) e avisou os residentes para se afastarem das zonas costeiras.
Antes de retirar os avisos, a agência advertiu que o tsunami podia atingir a altura máxima prevista (um metro) nas próximas horas, tanto nas ilhas Izu como nas ilhas Ogasawara, embora acabasse por atingir apenas meio metro na ilha de Hachijo.
Tinha também alertado para a possibilidade de subida do nível do mar desde Chiba (a sudeste de Tóquio) até Okinawa (a sudoeste do país).
O Japão está situado no chamado "anel de fogo" do Pacífico, uma das zonas sísmicas mais ativas do mundo, e sofre sismos com relativa frequência, pelo que as infraestruturas do país estão especialmente concebidas para resistir aos abalos, além de dispor de um avançado sistema de alerta antitsunami.
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