"Um dos feridos sucumbiu no hospital militar, na noite de terça para quarta-feira", escreveu no Twitter a vice-governadora da segunda cidade russa, Anna Mitianina.
Quatro das 53 pessoas hospitalizadas após o atentado continuam em estado grave, acrescentou.
O presumível autor do atentado, Akbarjon Djalilov, 22 anos, natural do Quirguistão, morreu no ataque.
Na semana passada, as autoridades acusaram oito presumíveis cúmplices por "terrorismo" e "cumplicidade com terrorismo" no âmbito da investigação ao ataque, reivindicado pelo grupo extremista Estado Islâmico.
A 3 de abril, uma bomba de fabrico artesanal explodiu no interior de um comboio entre duas estações de metropolitano, no centro de São Petersburgo, matando 13 pessoas e ferindo pelo menos 50, uma das quais morreu esta madrugada.
Um segundo engenho explosivo foi detetado e neutralizado numa outra estação de metro, a algumas paragens da estação onde explodiu a primeira bomba.
